咸水鱷雌性大約在10-12歲時達到性成熟。雄性要到16歲才達到性成熟。咸水鱷交配季節(jié)在5-6月之間，因應地區(qū)而定：泰國品種在7-8月產(chǎn)卵，爪哇品種甚至可在2月見到鱷卵。雄性咸水鱷們常常在繁殖季節(jié)展開領土保衛(wèi)戰(zhàn)，它們會先擺出作戰(zhàn)的姿勢，然后用頭猛烈頂撞對方。如果這個戰(zhàn)術不管用，它們就會用嘴互相撕咬，直到把對手的下巴咬爛才肯罷休。當然，最后勝利者將會贏得和雌性交配的權利。雄性以身軀壓在雌性背上，前肢抓緊雌鱷不放，用尾繞著雌性后段，進行交配，持續(xù)數(shù)小時之久。

咸水鱷利用腐草在淡水江河邊的林蔭丘陵營巢（距海6萬米以上），以尾掃出一個7-8米的平臺，臺上建有直徑3米的安放鱷卵的巢，巢距河約4米，以樹葉叢蔭構(gòu)成，每巢有白色鈣殼卵20-90枚左右，卵徑80毫米×55毫米。在卵的孵化期間，母鱷會一直守在巢旁，并時不時用尾巴往卵蛋上灑水以保持卵蛋的溫度，保持30-33℃的溫度，孵化75-90天。雛鱷出殼長240毫米，1年可達480毫米，3年可達1156毫米，重5.2千克。